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• FOND NATIONAL DE LUTTE CONTRE LE SIDA (FNLS)
• PROGRAMME NATIONAL D'ELIMINATION DE LA TRYPANOSOMIASE HUMAINE AFRICAINE (PNETHA)
• PROGRAMME NATIONAL D'ERADICATION DE VER DE GUINEE/EAU ASSAINISSEMENT (PNEVG/EA)
• PROGRAMME NATIONAL DE DEVELOPPEMENT DE L'ACTIVITE PHARMACEUTIQUE (PNDAP)
• PROGRAMME NATIONAL DE LUTTE CONTRE LA CECITE (PNLCE)
• PROGRAMME NATIONAL DE LUTTE CONTRE LE CANCER (PNLCA)
• PROGRAMME NATIONAL DE LUTTE CONTRE LE TABAGISME (PNLTAB)
• PROGRAMME NATIONAL DE LUTTE CONTRE LE PALUDISME (PNLP)
• PROGRAMME NATIONAL DE LUTTE CONTRE LES HEPATITESVIRALES (PNLHV)
• PROGRAMME NATIONAL DE LUTTE CONTRE LES ULCERES DE BURILI (PNLUB)
• PROGRAMME NATIONAL DE NUTRITION (PNN)
• PROGRAMME NATIONAL DE PREVENTION DES MALADIES METABOLIQUES (PNLMM)
• PROGRAMME NATIONAL DE PREVENTION DES MALADIES NON TRANSMISSIBLES (PNPMNT)
• PROGRAMME NATIONAL DE SANTE BUCCO-DENTAIRE (PNSBD)
• PROGRAMME NATIONAL DE SANTE MENTALE (PNSM)
• PROGRAMME NATIONAL DE SANTE SCOLAIRE ET UNIVERSITAIRE (PNSSU)
• PROGRAMME NATIONAL PROMOTION DE LA MEDECINE TRADITIONNELLE (PNPMT)
• PROGRAMME ELARGIE DE VACCINATION (PEV)
• PROGRAMME NATIONAL DE LUTE CONTRE LA LEPRE (PNEL)
• PROGRAMME NATIONAL DE LUTTE CONTRE LA SCHISTOSOMIASE, L'HELMINTHIASE ET LA BILHARZIOSE LYMPHATIQUE (PNLSGF)
• PROGRAMME NATIONAL DE LUTTE CONTRE LA TUBERCULOSE (PNLT)
• PROGRAMME NATIONAL DE LUTTE CONTRE LE SIDA (PNLS)
• PROGRAMME NATIONAL DE SANTE MERE ET ENFANT

Les ONG affiliées au programme:
PROGRAMME NATIONAL DE LUTTE CONTRE LE PALUDISME (PNLP)